商品豬育種總的來說采用的是雜交計劃，選擇決策在純繁核心群做出，而最終的屠宰豬通過商品豬群的雜交配種生產(chǎn)。
這種類型的配種計劃在商品代和父母代的生產(chǎn)當(dāng)中都利用了個體的和母系的雜交優(yōu)勢，應(yīng)用非常廣泛。
在核心場，候選種公豬先是出生時根據(jù)父母信息選擇，然后在經(jīng)過斷奶后性能測定、收集了諸如增重、采食量和身體構(gòu)成等信息之后再對公豬和后備母豬進(jìn)行最后選擇。
通過基于譜系和性能測定的選擇方法已經(jīng)愛這些形狀上取得了顯著的遺傳改進(jìn)。然而，對于伴性性狀（例如窩產(chǎn)仔數(shù)性狀），估計育種值（EBV）的精度通常較低，因為這些性狀的記錄通常在候選個體選擇的時候（斷奶后性能測定結(jié)束時）都還不存在。
在豬的育種計劃當(dāng)中，總的來說母系育種目標(biāo)50%以上強(qiáng)調(diào)的是母系性狀，因此盡可能提高母系性狀的EBV精度是有好處的。
對于難以通過基于譜系和性能測定的方法改進(jìn)的性狀（例如母系性狀）來說，基因組選擇方法是一個可選方案。
基因組選擇方法可提高候選個體EBV的精度，而這個屬性可以用來提高整體的遺傳改進(jìn)速度。
基因組選擇方法可以簡要總結(jié)如下：從一個既有表型數(shù)據(jù)又有SNP（單核苷酸多態(tài)性）信息的已經(jīng)確定了基因型的群體中，首先估算標(biāo)記效應(yīng)，或SNP效應(yīng)。 之后，再利用這些SNP效應(yīng)來預(yù)測育種值，這個育種值通常被稱為沒有表型記錄的年輕動物的基因組育種值（GEBV）。加裕進(jìn)行的研究顯示，基因組選擇方式可顯著改進(jìn)EBV的精度。
上述GEBV計算并不利用未確定基因型的候選個體的親本的表型或譜系信息。但研究已經(jīng)顯示，通過把未確定基因型親本的譜系和性能信息與基因型確定動物相結(jié)合，可以進(jìn)一步提高基因組選擇方法的精度。 Legarra等人 (2009)、 Aguilar等人 (2010)、以及Christensen和Lund (2010)討論了同時采用基因型確定動物與未確定基因型親本的信息預(yù)測EBV的方式。這種方法常被稱為基因組選擇的單步方法。傳統(tǒng)的選擇方法采用基于譜系的關(guān)系和表型來估算EBV。在單步基因組選擇方法當(dāng)中，會采用來自基因定型動物的關(guān)系信息對基于譜系的關(guān)系信息進(jìn)行修改。
選自： The Pig Site中文
作者：Dinesh M. Thekkoot博士